自然流产的原因主要有以下几种：
一、胚胎因素
染色体异常是早期流产最常见的原因。除遗传因素外，感染、药物等因素也可引起胚胎染色体异常，若发生流产，多为空孕囊或已退化的胚胎，所以这种流产的病态胚胎很难存活，即使少数至妊娠足月，也是娩出畸形儿或有代谢及功能障碍。
二、免疫功能异常
母体对胚胎及胎儿的免疫耐受是胎儿在母体内得以生存的基础，而母胎血型不和或存在某些抗原或抗体都是引发流产的危险因素。
三、环境因素
过多放射线和许多化学物质都可能引起流产，而这些原因导致的流产易致胎儿慢性中毒，最好不要保胎。 装修房子的时候要格外注意材料的选择。
四、母体因素
1、孕妇的一些全身性疾病如严重感染、贫血、肾炎等可以刺激子宫收缩或引发胎儿缺氧或死亡等而导致流产。
2、子宫的畸形、炎症、肿瘤、息肉等均可影响胚胎着床发育而引发流产。
3、内分泌异常如黄体功能不足，甲状腺功能减退，严重糖尿病血糖未控制者均可导致流产。
4、妊娠期，不论是躯体的强烈应激如手术、腹部撞击，还是心理的不良刺激如过度紧张、焦虑等，都可导致流产。
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